La Contraloría cuenta con una dotación de1.665 funcionarios a nivel nacional, de los cuales un 56% corresponde a profesionales de distinto ámbito (15,4% abogados; 19,6% auditores y 4,7% administradores públicos, entre otros). Asimismo, existe un 10,2% de personal técnico, 25,0% de administrativos y 8,9% de auxiliares.

La planta del personal de la Contraloría General es materia de ley, pero el Contralor General realiza todos los nombramientos y dispone las demás medidas atingentes a los funcionarios.